神馬はサラブレッドの神山（騸・芦毛）でした。（取材時）
JRAから奉納されました。
戦前や江戸時代には神馬がおり、一度途絶えたが、神社関係者の努力で昭和40年代から復活し、現在6代目です。
神馬は、20歳ぐらいまでで交代を考えており、先代は保養地で過ごすとのことです。
普段は京都産業大学の馬術部に委託しており、世話や調教をしてもらっています。
日曜日と月の一日に境内の神厩舎に滞在しています。
大学の厩舎から神社までの距離が公道で2時間かかるため、公道の馴致が非常に重要で、近年は馬のことをよく知らない人達も多い為、馬運車の導入もを検討していました。（取材時）
神馬は1月の白馬奏覧神事、5月の葵祭の神事で活躍し、参拝者や観光客など、多くの人々の注目を浴びています。
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